Najšire prihvaćena hipoteza o mehanizmu stvaranja pahuljica aktivnog mulja je učinak premošćivanja izvanstaničnih polimera i filamentoznih bakterija. Stoga se problem-odvajanja vode od mulja u sustavima s aktivnim muljem također može objasniti sa sljedećih aspekata:
1. Raspršeni rast
Općenito se vjeruje da je raspršeni rast, poznat i kao anti{0}}flokulacija ili dezintegracija mulja, uglavnom uzrokovan nedostatkom izvanstaničnih polimera ili ometanjem učinka premošćivanja tih polimera, sprječavajući mikroorganizme aktivnog mulja da prianjaju zajedno. Čimbenici koji mogu dovesti do raspršenog rasta uključuju: prekomjerni rast ne-flokulirajućih bakterija; nizak omjer dvovalentnih kationa (npr. iona kalcija i magnezija) prema jednovalentnim kationima (iona kalija i natrija); učinak biosurfaktanata protiv-flokulacije; trovanje muljem zbog uvođenja toksina; naglo povećanje omjera F/M uzrokovano udarnim opterećenjem ili gubitkom mulja; i zakiseljavanje velikog{6}}površina i razgradnja anaerobnog mulja u spremniku za prozračivanje.
Takve flokule jako variraju u veličini; veće flokule tonu brzo, dok manje flokule tonu sporo, tvoreći diskontinuirani sloj s mutnim supernatantom.
2. Igličasti-flokule mulja
Kada pahuljice aktivnog mulja sadrže samo bakterije slične pahuljicama, a ne niti vlaknaste bakterije, obično su vrlo male (samo 75 µm), rastresite i lomljive. Te se pahuljice nazivaju igličaste pahuljice-mulja.
Kada je bioflokulacija neučinkovita, te se flokule lako raskomadaju na komadiće turbulentnim protokom u spremniku za prozračivanje, posebno kada se koristi mehanička aeracija ili difuzori s velikim mjehurićima. Osim toga, razne pumpe, gravitacijske brane i krivudave cijevi mogu stvoriti turbulencije, dodatno lomeći te flokule u male komadiće. Kada je opterećenje muljem (F/M) prenisko, starenje mulja također može dovesti do igličastih -flokula mulja.
Ove flokule znatno variraju u veličini; veće flokule se talože brzo, dok se manje flokule talažu sporo, tvoreći diskontinuirani sloj s mutnim supernatantom.
3. Razbacane suspendirane flokule
Ponekad se mogu vidjeti rastresite flokule lebdeće na površini sekundarnog taložnika, ali efluent ostaje bistar. Ispitivanja taloženja pokazala su da je brzina taloženja mulja mala. Taj se fenomen naziva labava suspenzija pahuljica. Glavni razlog je to što je opterećenje muljem (F/M) previsoko, mikroorganizmi aktivnog mulja su u logaritamskoj fazi rasta, što rezultira visokom razinom energije u aktivnom mulju, jakom mikrobnom aktivnošću, rastresitom teksturom pahuljica mulja, slabim formiranjem pahuljica i poteškoćama u taloženju. Kada se opterećenje muljem odgovarajuće smanji, rastresite pahuljice mogu nestati.